Mediante sus reactores succionadores de mako, la savia del planeta, la Compañía de Electricidad y Energía Shinra prácticamente se ha apoderado del mundo. Solo un grupo de idealistas conocido como Avalancha opone resistencia a su dominio.
Cloud, un Soldado de élite convertido en mercenario, participa en una operación de Avalancha cuyo fin es la destrucción del reactor de mako n.º 1 de Midgar.
La explosión convierte la ciudad en un infierno, y Cloud sufre alucinaciones de su archienemigo, a quien creía muerto. Así comienza, una vez más, la historia que definirá el destino de todo un mundo.