En el caso de no tener ninguna partida guardada de Naruto: Ultimate Hero 3 en la Memory Card, podemos desbloquear los personajes ocultos realizando unas determinadas tareas:
- Kabuto: En el modo Héroe, derrótalo usando a Naruto.
- Temari (versión antigua): En el modo Héroe, desbloquea la escena en que se enfrenta contra Shikamaru durante los exámenes de Chuunin.
- Kankurou (versión antigua): En el modo Héroe, desbloquea la escena en que se enfrenta contra Shino durante la invasión de Konoha.
- Orochimaru: En el modo Héroe lo conseguirás en el nivel que Naruto se enfrenta a él.
- Godaime Hokage (Tsunade): En el modo Héroe, desbloquea el escenario de los ataques Orochimaru.
- Sandaime Hokage: En el modo Héroe, derrótalo usando a Orochimaru durante la invasión de Konoha.
- Nidaime Hokage: En el modo Héroe, desbloquea la escena del funeral de Sandaime.
- Gaara (versión antigua): En el modo Héroe, derrótalo en su versión casi completa de Shukaku con Naruto.
- Jiraiya: En el modo Héroe, desbloquea la escena donde Naruto protege a Tsunade de Kabuto.
- Shizune: En el modo Héroe, desbloquea la escena donde Tsunade ataca a Orochimaru.
- The Yellow Flash: Recoge todas las piezas de memoria en el modo Maestro (incluyendo las especiales) y completa el modo Héroe.
- Chio: Finaliza el modo Maestro.
- Itachi: Finaliza el modo Maestro.
- Kisame: Derrótalo en el modo Maestro.
- Didara: Derrótalo en el modo Maestro.
- Sasori: Derrótalo en el modo Maestro.
- Haku: Derrótalo en el modo Héroe.
- Zabuza: Derrótalo en el modo Héroe.
