Al llegar a determinadas fases nos enfrentaremos a maquinas de combate avanzadas que harán las veces de subjefes finales. La peculiaridad de estos consiste en que podremos capturarlos junto con sus pilotos en el caso de que empleemos la táctica de combate adecuada (menos agresiva), logrando así completar nuestro hangar con los tanques, helicópteros y demás vehículos que encontremos. La excepción la ponen los jefes finales que son interpretados por impresionantes robots, controlados por inteligencias autónomas, que deberemos combatir con la mayor eficacia si queremos salir vivos del gran reto que nos plantean. Como es habitual, tendremos que elegir adecuadamente nuestro "modus operandi" para contrarrestar los variados movimientos y ataques que realizan.
En escrupulosos términos de control, manejaremos a Big Boss por medio del stick analógico mientras que direccionamos la cámara libremente con los botones derechos, realizamos acciones especificas como recargar o cambiar de arma y objeto, con las flechas digitales y para apuntar y disparar emplearemos los gatillos superiores. La configuración mencionada pertenece a la seleccionada por defecto pero el sistema pone a nuestra disposición otras configuraciones distintas entre la que va incluida la heredada del Monster Hunter editado para la misma consola.
Se echa en falta una mayor simplicidad a la hora de realizar determinadas acciones como pegarnos a la pared o recargar, que requieren la pulsación del botón superior del pad digital e implican la pérdida total del control de movimiento de Snake durante su ejecución. La automatización contextual empleada por otros títulos como Resístanse, donde el personaje se cubre al acercarse a un parapeto, hubiera sido la forma idónea para afrontar las limitaciones jugables que presenta PSP y, a excepción del sistema de combate QCQ que si que depende de la proximidad de uno o varios enemigos, el resto del juego emplea una copia de los controles clásicos de las consolas de sobremesa.
Posiblemente el principal problema de este título sea el sistema de cámara en tercera persona que nos sigue durante toda la acción. Dicha cámara es controlable de manera libre por nosotros mediante de los cuatro botones digitales derechos y, como tales, ofrece una sensibilidad muy tosca para las necesidades analógicas que requiere un cambio de visión agradable. Por ello, con frecuencia nos hemos encontrado con situaciones en las que la correcta focalización de un enemigo nos obligaba a perder unos momentos mientras maniobrábamos y perdíamos la percepción de otras amenazas cercanas. La sensación se convierte en frustrante especialmente cuando nos encontramos en laberinticos escenarios donde el hecho de mirar atrás supone perder el tiempo justo para que nos detecte el enemigo.
Nos llevamos una agradable sorpresa durante algunas de las secuencias de comic se nos instarán a resolver determinadas situaciones mediante minijuegos de habilidad similares a los QTEs en los que la rapidez de reacción y precisa puntería serán la clave de nuestro éxito. Durante las escenas animadas que no requieran nuestra intervención también se nos animará a emplear los controles de un modo menos decisivo aunque con ventajas tan peculiares como obtener información adicional de un acontecimiento o incluso deleitarnos con la visión de la ropa interior de alguna de las féminas acompañantes.