La aventura empieza en Scuttle Town, la ciudad de Shantae. En esta ciudad recuperaremos vida y magia en el balneario, hablaremos con sus habitantes para conseguir objetos, recibir consejos, o realizar encargos, como misiones secundarias. Visitaremos su Museo donde disfrutar del arte del juego, hacer compras para mejorar habilidades, ataques para nuestro pelo látigo o comprar magia u objetos.
Una vez fuera, visitaremos un total de 5 zonas, a bordo de un pájaro gigante. Cada zona tiene tres niveles y un enfrentamiento con un final boss de gran tamaño, el cual tendrá diferentes ataques. Estos lugares son, Mermaid Falls donde se esconderán los peligrosos cocodrilos, Tassel Town un desierto con fuertes ventiscas, Cape Crustacean donde se realiza una carrera de alfombras voladoras, el Castillo del Hypno Baron un laberinto de habitaciones y el escondite de Risky hogar de piratas. Cada vez que empecemos un nivel o superemos una fase se nos permitirá guardar la partida. En algunos niveles se esconderá una vendedora ambulante, esta tendrá magia especial y algunas transformaciones cuanto menos curiosas.